سلول‌های پروکاریوتیک و یوکاریوتیک دو نوع اصلی سلول هستند که تفاوت‌های اساسی در ساختار و ویژگی‌های آن‌ها وجود دارد. در زیر به بررسی این تفاوت‌ها می‌پردازیم:
۱. ساختار هسته
سلول‌های پروکاریوتیک:
هسته مشخصی ندارند. ماده ژنتیکی (DNA) به صورت حلقوی و در ناحیه‌ای به نام نوکلئوتید (nucleoid) قرار دارد.
سلول‌های یوکاریوتیک:
دارای هسته مشخص و محصور شده در غشاء (غشای هسته) هستند که ماده ژنتیکی (DNA) در آن قرار دارد.
۲. اندازه