بیشتر میکروارگانیسم‌ها قادر به رشد در عسل نیستند، از این رو عسل بسته‌بندی شده حتی پس از گذشت هزاران سال فاسد نمی شود. با این حال، در شرایطی که رطوبت عسل بالا باشد یا درب آن باز شود و رطوبت جذب کند، میکروارگانیسم‌های اسموفیلیک ممکن است عسل را آلوده کرده و کف‌زایی نمایند، این پدیده به جوانه زدن عسل معروف است.
این واقعه به‌طور مشخص در عسل موم‌دار و فرآورده‌های تصفیه شده مشاهده می‌شود. آلودگی معمولاً با پر شدن سطح عسل در شیشه یا سایر ظروف آغاز می‌شود و پس از مدتی ممکن است در قسمت‌های داخلی نیز رشد یابد.
عسل به دلیل ویژگی‌های خاصی که دارد، به طور طبیعی به مدت بسیار طولانی می‌تواند حفظ شود و فاسد نشود. دلایل اصلی عدم فساد عسل عبارتند از:
1. رطوبت کم: عسل حاوی حداقل ۱۷ تا ۱۸ درصد رطوبت است که بسیار پایین است. رطوبت کم باعث می‌شود که میکروب‌ها و قارچ‌ها نتوانند در آن رشد کنند و باعث فساد شود.
2. محتوای قندی زیاد: عسل حاوی غلظت بالایی از قندهای ساده مانند گلوکز و فراکتوز است که باعث ایجاد شرایط غیرمساعد برای رشد میکروب‌ها می‌شود. قندهای موجود در عسل از جمله عواملی هستند که باعث حفظ آن در برابر فساد می‌شوند.
3. خواص ضد‌میکروبی: عسل دارای خواص ضد‌میکروبی و ضد باکتریایی است که بر اساس مواد ترکیبی از جمله پروپولیسین است که باعث می‌شود تا میکروب‌ها نتوانند در آن زندگی کنند و آن را فاسد کنند.
4. خواص اسیدی: عسل به عنوان یک محلول آبی اسیدی با pH کمتر از ۴.۵ به طور طبیعی از رشد میکروب‌ها جلوگیری می‌کند.
این ویژگی‌ها با هم ترکیب شده‌اند تا عسل را به مدت بسیار طولانی حفظ کنند، به طوری که برخی عسل‌هایی که در محفظه‌هایی یافت شده‌اند، تا هزاران سال قدمت دارند و هنوز هم در شرایط مناسب حفظ شده‌اند.