پنگوئن‌ها همانند بسیاری از حیوانات دیگر دارای جنسیت نر و ماده هستند. برای تولید نسل جدید، نر و ماده باید با هم جفت شوند و تخم‌هایی را که ماده تخم می‌گذارد، نر و ماده به تناوب نگهداری می‌کنند.
در بیشتر گونه‌های پنگوئن، نر و ماده از طریق رقص و نمایش پرواز خود به یکدیگر علاقه نشان می‌دهند و سپس جفت می‌شوند. پس از جفت شدن، ماده یک تخم را تولید می‌کند که در لانه یا روی پای او قرار می‌گیرد و نر به آن مراقبت می‌کند تا بتواند آن را گرم نگه دارد و در نهایت جوجه‌ها از تخم بیرون بیایند.
البته، مقداری از گونه‌های پنگوئن با روش‌های متفاوتی برای تولید جوجه دارند، اما بطور کلی، همه آنها جفت شده و تخم‌ها را می‌گذارند تا جوجه‌ها تولید شوند.
