خفاش‌ها و موش‌ها هر دو به‌طور عمومی در گروه‌های جانوری مختلفی قرار می‌گیرند و علیرغم شباهت‌های ظاهری که در برخی موارد دارند، از نظر تکاملی و سیستماتیکی به خانواده‌های جداگانه‌ای تعلق دارند. با این حال، در دنیای زیست‌شناسی، شباهت‌های ظاهری همیشه لزوماً به معنای نزدیکی تکاملی نیستند. بنابراین، برای درک بهتر اینکه آیا این دو موجود نسبت خویشاوندی دارند یا خیر، باید به تقسیم‌بندی‌های علمی و تاریخی تکامل آنها نگاه کنیم.
1. تقسیم‌بندی علمی و جایگاه تکاملی خفاش‌ها و موش‌ها
الف) خفاش‌ها (Chiroptera)
خفاش‌ها به‌عنوان یکی از گروه‌های پستانداران شناخته می‌شوند که توانایی پرواز دارند. این گروه در رده «Chiroptera» قرار دارند که به معنی «بال‌های دست» است، به این معنا که در این گروه، دست‌ها و انگشت‌ها به گونه‌ای تکامل یافته‌اند که می‌توانند بال‌هایی با پوست و پرچم نازک بسازند. خفاش‌ها به دو زیرگروه اصلی تقسیم می‌شوند: