مولکول‌ها در طبیعت به دو دسته کلی تقسیم می‌شوند: مولکول‌های بیولوژیکی و مولکول‌های غیر بیولوژیکی. هر کدام از این گروه‌ها نقش‌های بسیار مهمی در فرآیندهای شیمیایی و زیستی دارند. در ادامه، مهمترین انواع مولکول‌ها را با لحاظ کردن مولکول‌های بیولوژیکی بررسی می‌کنیم.
1. مولکول‌های بیولوژیکی
مولکول‌های بیولوژیکی نقش اصلی در فرآیندهای زندگی دارند و بیشتر شامل ترکیبات آلی می‌شوند که در موجودات زنده حضور دارند. این مولکول‌ها می‌توانند پیچیده و دارای ساختارهای پیچیده‌تری باشند. مهمترین دسته‌ها عبارتند از:
1.1 پروتئین‌ها
پروتئین‌ها از زنجیره‌های طولانی آمینواسیدها تشکیل می‌شوند و ساختار و عملکردهای مختلفی دارند. پروتئین‌ها به عنوان آنزیم‌ها، هورمون‌ها، و اجزای ساختاری سلول‌ها عمل می‌کنند.